De Olympische Spelen van 1972 was overschaduwd door het gijzelingsdrama dat plaatsvond. In de nacht tussen 4 en 5 september (11e dag) wisten Palestijnse terroristen het Olympisch dorp binnen te dringen. Hier gijzelden zij 12 Israelische sporters en leden van de staff. Moshe Weinberg en Yossef Romano wisten 3 gijzelnemers te verwonden maar werden beiden doodgeschoten. Bij deze actie wist Gad Tsobari te ontsnappen. Hierna waren er nog 9 gijzelaars.
De gijzelnemers eisten dat Israel 234 Palestijnen vrij lieten. Ook moesten Ulrike Meinhof en Andreas Baader uit een Duitse gevangenis worden vrijgelaten. Deze twee waren de leiders van de Duitse terreurgroep Rote Armee Fraktion.
De gijzelnemers gingen met de gijzelaars naar het militaire vliegveld Fürstenfeldbruck. Daar stond een vliegtuig klaar dat ze naar Caïro zou vliegen. Plan van de reddingsoperatie was dat het vliegtuig nooit zou vertrekken en de gijzelnemers zouden worden onderschept bij het vliegveld. De leider van de terroristen kwam er tijdens het controleren van het vliegtuig achter dat het een valsstrik was: er waren geen piloten.
Toen hij terug naar de helikopters wou gaan waarmee ze waren aangekomen werd het vuur geopend door de politie. Omdat de politie geen scherpschutters waren en niet zo getraind als een arrestatieteam liep alles verkeerd. De gijzelnemers schoten meteen terug en gooiden een granaat in de helikopter waar de gijzelaars zaten. Alle gijzelaars kwamen om samen met 5 terroristen. De overige 3 terroristen werden opgepakt maar kwamen later vrij na een eis van vliegtuigkapers later dat jaar. Twee van hen werden later geliquideert. In 1979 en 1992.
Tijdens en na het drama gingen de Olympische Spelen gewoon door al deden veel sporters niet mee. Sporters en de Olympische Spelen in het algemeen kregen veel kritiek over het doorgaan.